Тус гаалийн байгууллага нь анх БНМАУ-ын Сайд нарын зөвлөлийн 1975 оны 101 тоот тогтоолоор 1975 оны 9 дүгээр сарын 15-нд “Гаалийн төлөөлөгч” нэртэйгээр байгуулагдаж, анхны төлөөлөгчөөр Х.Лодон ажиллаж байв.Шинээр үүсэн бий болсон гаалийн байгууллага нь 1976 оны 6 дугаар сар хүртэл Гадаад харилцааны яамны “Гаалийн хэрэг эрхлэх газрын төлөөлөгч”нэртэй байснаа мөн оны 7-р сард “Гаалийн салбар” болон өргөжиж гаалийн улсын ахлах байцаагчаар Х.Лодон, гаалийн улсын байцаагчаар Цэнд-Аюуш нар ажиллаж байсан.

     Тус гаалийн салбар нь ГЕГ-ын даргын 1992 оны 23 дугаар тушаалаар эрхлэгч, ня-бо, гаалийн улсын байцааагч 6 үйлчлэгч гэсэн орон тоотойгоор ажиллаж байгаад 1994 онд гаалийн байгууллага, 1996 оны 7 дугаар сараас Гаалийн хороо, мөн оны 10 дугаар сараас гаалийн газар болон өргөжиж 1999 оны 7 дугаар сараас гаалийн хороо, 2001 оны 3 дугаар сараас өнөөдрийг хүртэл гаалийн газрын статустайгаар үйл ажиллагаагаа  явуулж байна.

     Энэхүү гаалийн байгууллагын анхны төлөөлөгч даргаар 1975 оноос Х.Лодон ажиллаж эхэлснээс хойш өнөөг хүртэл 13  ажилтан байгууллагын даргын ажлыг хийж иржээ.

     Эрдэнэт хот дахь гаалийн байгууллага нь анх байгуулагдахдаа өөрийн гэсэн байргүйн улмаас1975-1978 онд геологичдийн тосгонд төвлөрөн үйл ажиллагаагаа явуулж байв. 1978 оноос Эрдэнэт өртөөний товарын контор, төмөр замын холбооны газар зэрэг байруудад тус тус байрлаж байгаад 1996 онд өөрийн гэсэн ажлын байртай болсон байна.

     Анхны үед Эрдэнэт хотод төмөр зам тавигдаагүй байсан учир гол ажил нь шуудангаар ирсэн, явсан илгээмжинд гаалийн бүрдүүлэлт хийх төдийгөөр хязгаарлагддаг  байжээ.

     1980 онд Эрдэнэт хотын гаалийн салбар дээр Улаанбаатар, Замын үүд,Сүхбаатар, Сайншанд, Дарханы салбар хороодын гаалийн улсын байцаагчдын уулзалт семинар зохион байгуулагдаж байсан ба 1982 онд Улаанбаатар, Сэлэнгэ зэрэг газарт Эрдэнэтийн гаалийн салбарын үйл ажиллагааг сурталчилсан үзэсгэлэн гаргаж байв.1982 оноос Эрдэнэт өртөөнд контейнерийн бараа бүхий гаалийн хяналтын талбай бий болсноор төрөл бүрийн ачаа тээшинд үзлэг шалгалт хийдэг болжээ.

     1990-ээд оноос Монгол улс зах зээлийн эдийн засагт шилжин өмчийн олон хэлбэртэй болж гадаад худалдаа либеральчлагдаж гаалийн байгууллагын гүйцэтгэх үүрэг өсөн нэмэгдсэн ба 30 зүйлтэй гаалийн тухай хуулийг баталсан 1991 оноос гаалийн үндсэн бичиг баримт болох гаалийн мэдүүлгийг бичиж эхэлсэн бөгөөд 1992 оноос эхлэн экспортын бараанд гаалийн мэдүүлэг бичиж хяналт шалгалт хийдэг болсон байна.Улмаар эдийн засгийн аюулгүй байдалд гаалийн байгууллагын гүйцэтгэх үүрэг улам бүр өсөн нэмэгдэж, гаалийн байгууллагын үйл ажиллагааг олон улсын стандарт түвшинд ойртуулсан гаалийн болон гаалийн тарифын тухай хуулийг 1996, 2008 онуудад шинэчлэн баталснаар гаалийн байгууллагуудын үйл ажиллагаа шинэ шатанд гарах эрх зүйн үндэс бий болж ирсэнтэй уялдуулан тус гаалийн байгууллага нь улсын төсвийн орлогыг бүрдүүлэх, гадаад худалдаа, үндэсний үйлдвэрлэлийг дэмжих, экспортыг урамшуулах, импортыг зохистой байлгахад гол анхаарлаа чиглүүлэн ажиллаж ирэв.

     Орхон аймаг дахь гаалийн газар нь ГЕГ-ын даргын 2024 оны А/123 тоот тушаалаар 44 орон тоотойгоор / ТТ-31, ТҮ-13 / ажиллаж байна.